Умумий ўрта таълим муассасалари фаолиятини мувофиқлаштириш бошқармасининг асосий вазифалари қуйидагилар иборат:
Ўзбекистон Республикасида “Умумий ўрта таълим тўғрисида”ги Низом асосида умумий ўрта таълим муассасалари фаолиятини мувофиқлаштириш;
Республикада мактаб ёшидаги болаларни умумий ўрта таълим муассасаларига тўлиқ қамраб олинишини назорат қилиш;
мактаб ўқувчиларининг босқичли назорат имтиҳонлари ва якуний аттестациясиядан ўтказилишини ташкил этиш;
ижодкор ўқитувчилар фаолиятини тарғибот қилиш мақсадида “Йилнинг энг яхши фан ўқитувчиси” кўрик-танловини ўтказиш;
чет эл фуқаролар ва фуқаролиги бўлмаган шахслар фарзандларини умумий ўрта таълим муассасаларида ўқишларини мувофиқлаштириш;
умумий ўрта таълим дастурларини давлат таълим стандарти доирасида мустақил ўзлаштирган таълим олувчиларни экстернат тартибида якуний давлат аттестациясидан ўтказилишини ташкил этиш;
вазирликнинг таалуқли бошқармалари билан бирга умумий ўрта таълим муассасаларида Кузатув кенгашларининг ташкил этилишини ва фаолиятини мувофиқлаштириш;
умумий ўрта таълим муассасалари битирувчиларига шаҳодатнома, аттестат, сертификат берилишини таъминлаш;
айрим фанларга ихтисослаштирилган мактаб ва мактаб-интернатларининг фаолиятини мувофиқлаштириш.