Основными задачами Службы внутреннего аудита являются выявление, предупреждение и предупреждение случаев нецелевого использования и хищения бюджетных и внебюджетных средств в учреждениях и организациях Министерства:

контроль за надлежащим планированием и исполнением смет и приходно-сметных расходов учреждений и организаций в системе сметного учета, проведения конкурсов и договоров;

Совершенствование системы бюджетного учета и отчетности перед руководителями учреждений и организаций и централизованных финансово-бухгалтерских служб, недопущение необоснованной дебиторской и кредиторской задолженности, укрепление бюджета, бюджетной и кадровой дисциплины, повышение эффективности использования бюджетных средств, в том числе закупок товары, работы и услуги, подготовка рекомендаций по усилению штатов централизованных финансово-бухгалтерских служб;

давать обязательные рекомендации учреждениям и организациям системы по устранению выявленных нарушений, причин и условий, допускающих их возникновение.

В функции Службы внутреннего аудита входит: дистанционный контроль правильности структуры бюджетной заявки в соответствии с законодательством с использованием информационных технологий;

изучить структуру сметы расходов, приходно-расходной сметы и штатного расписания в соответствии с требованиями законодательства;

дистанционный контроль правильности ведения бюджетного учета с использованием информационных технологий;

изучать и анализировать достоверность, достоверность и полноту подготовленной и представленной финансовой отчетности;

изучить обоснованность возникшей дебиторской и кредиторской задолженности; контроль за сохранностью и состоянием денежных средств, товарно-материальных ценностей и других активов;

контроль за правильностью начисления и своевременного финансирования заработной платы и приравненных к ней выплат, а также за целевым использованием средств;

контроль за проведением тендеров и контрактов;

выявление средств, которые можно сэкономить во всех сферах деятельности, в том числе за счет контроля качества государственных услуг;

изучение эффективности использования бюджетных средств на основе взыскания и сокращения задолженности, анализ соблюдения платежной дисциплины;

анализ и оценка результатов, достигнутых в пределах бюджетных средств, выделенных на цели, мероприятия и задачи, поставленные в программах (государственных, отраслевых, территориальных) и иных нормативных правовых актах;

проверить выполнение установленных критериев эффективности и показателей, установить регулярный контроль и анализ;

Проведение профилактической работы, направленной на предупреждение коррупции в учреждениях и организациях системы;

рассматривать обращения физических и юридических лиц в пределах своих полномочий и принимать меры по устранению имеющихся проблем, контролировать обеспечение трудовой и исполнительской дисциплины;

выполнять иные функции в соответствии с законодательством, направленные на обеспечение целевого использования бюджетных и внебюджетных средств.